很久以前，在一个小海湾的东头住着京族渔民，西头住着汉族渔民，中间住着海霸“花头鲨”。

东头有户人家，只有父亲阮大爹和女儿阿妹两人，靠租花头鲨的渔具打鱼度日。阿妹17岁，美丽如海牡丹，从小跟父亲练就一身打鱼本领。阿妹的心上人武哥勤劳勇敢，可惜他的父母被花头鲨害死了。

一天，阿妹独自出海捞海参，见一条大鲨鱼追逐一只五彩大龙虾，就用鱼叉刺死了大鲨鱼。那大龙虾就跳到她的小船里，变成了一个小姑娘。小姑娘说，她是海神的女儿，为了报答阿妹，就送给阿妹一颗镇海珠，说镇海珠能治人间百病、使人起死回生，但一旦落地就会变成泥沙。于是两人结拜为姐妹，今后只要阿妹向南划船九十九里，喊三声“珊珠”，即可相见。

阿妹与出海来接她的武哥刚刚回到家中，她父亲因为欠租被花头鲨的大管家墨鱼九一阵毒打，已经奄奄一息。阿妹立刻把镇海珠贴到父亲胸口，马上医好了父亲。

不久，岛上发生了一场瘟疫，阿妹和武哥带着镇海珠到处救治穷苦乡亲。花头鲨家里也得了瘟疫，他听说长工二叔公病死又转活了，就抓他拷问出镇海珠治病的缘由。

于是花头鲨就派人装病倒在路边，武哥见了就拿出镇海珠给“病人”治病，不料被家丁抢走了镇海珠，还抓了武哥。花头鲨拿走了镇海珠，要武哥说出使用方法。武哥飞起一脚踢落镇海珠，镇海珠顿时变成了一堆泥沙。凶残的花头鲨抓来全村老少作为人质，限阿妹三天之内交来镇海珠，否则处死众人。

阿妹只好再求珊珠要一颗镇海珠，珊珠带阿妹去求海神。愤怒的海神不但拒绝，而且还将珊珠关进黑屋子，将阿妹变为一只海鸥。阿妹飞到黑屋子找到了珊珠，得知镇海珠藏在深深的镇海洞里。她趁守洞的虾兵蟹将不留意，进去衔走了一颗镇海珠。她飞近海岸时，被海神发现了。海神一箭射落她口中的镇海珠。于是阿妹又进洞衔出一颗镇海珠，快近岸时，又被海神射伤了翅膀，镇海珠又掉落海里。阿妹再一次设法进洞取得镇海珠一颗，快飞回岸边时，还是被海神的箭射穿了胸膛，她和镇海珠一起坠入海中……

三天过去了，花头鲨凶狠地下令砍去全村人的头颅。这时管家墨鱼九献计说，最好将众人从悬崖上推到海里让海浪冲走，免得阿妹取回镇海珠将这些死人救活。乡亲们于是被推进大海。奇怪的是，海面上突然轰隆隆升起三座小岛，乡亲们爬上小岛就活了下来。一会儿，站在悬崖边的花头鲨这帮人脚下突然塌陷了，他们被卷入海中淹死了。

原来，这三座小岛就是那三颗镇海珠变成的，第一颗变成巫头岛，第二颗变成山心岛，第三颗变成尾岛。