明清时代,各地土司不但对布依族人民进行残酷剥削和压迫，土司之间矛盾也很大，互相仇杀，这严重影响了布依族人民的生命安全，同时也阻碍了当地社会经济和文化的发展。为了加强淸王朝的中央统治，清朝廷在贵州实行“屯田实边”、“改土归流”等政策，使清朝的统治在贵州各少数民族地区得以深入和加强。这种突出封建地主阶级专政的行为，虽然使各族人民受到严格的控制和压迫，但客观上,也使布依族增加了与外界的联系和交流，推动了社会经济和文化的发展。

这一时期,社会发展的最大特点是：生产技术的提高和人口的增长。布依族医药也随着生产活动的提高和社会的进步，总体水平得到了很大的发展，主要表现在：

1.对疾病的认识和治疗方法的提高

“改土归流”之后，大量的汉民入黔，布依族医药文化受到中原，尤其是汉族中医药文化的影响，同时也吸收了其他少数民族医药文化，使布依族医药有了很大的提高。逐渐从崇拜鬼神,信命巫术的桎梏中摆脱出来，对疾病的发生、发展、归因有了更深一层的认识，诊断疾病开始用望色、号脉和问诊，力求辨证施治；常用滚蛋、刮痧、火针、油针、瓦针、酒针、化水、挑筋，药浴热沙等方法治疗疾患；疾病分类从“三十六症”到“七十二症”，加起来有“一百单八症”之说。

布依族地区，在诸葛亮南征时就曾被称为“瘴疠流行之所”。布依族人民在缺医少药的情况下,受疟疾、天花、麻疹、回归热、伤寒等各种疫疾的危害十分严重。那里流传一首歌谣：“八月谷子黄,摆子鬼上床,十有九人病,无人送汤药。”后来，布依族医经过反复实践，运用草药敷在患者脉搏穴位上，很快就痊愈。

2.“场期药市”的形成

明末淸初，西南地区交通的开发，汉、“夷”接触频繁，关系日益密切，布依族人民接受汉族先进的文化技术，促进了农业、手工业的发展。由于剩余农产品逐渐增加,农村初级市场逐步扩大,市场交易口益繁荣，布依族地区出现了贵阳、都匀、独山、南笼（今安龙）、安顺等重要商业中心。

随着商业城市的发展，中医药文化的渗透,药材交易也成为重要的商品贸易。贵州属亚热带地区,物产丰富，盛产多种地道药材及矿物药材,如天麻、杜仲、吴茱萸、五倍子、白及、白银、雄黄、朱砂等，贵阳、安顺等重要商业城市，江、广、楚、蜀贸易客商，云集此地，对大宗药材进行转口贸易,销往外地。

在农村也有定期集市的市场，场期以动物属相为名，如鸡、狗、猪、鼠、兔等等，各族人民在定期市场上出售农产品、土特产、家庭手工业的编织品和纺织品以及牛马、猪羊等牲畜以及鸡、鸭、鹅等家禽和猎获物等。药材交易是其中的重要交易对象之一。

由于种植、养殖业的发展，医师在进行看病疗疾，使用药物的时候，也对一些因季节、环境难以采集的药材，在自家的屋前房后或苗圃里种植，用不完的就拿到集市上出售，同时也买回自己需要的药材。长此以往，促进了种植、养殖与药市的良性发展，加强了医师之间医疗、用药的相互交流。此时的布依族医师常用药在几十种左右，如爬岩姜、大血藤、接骨丹、见血飞、癞蛤蟆、地瓜藤、牛虱子、千里光等。

改土归流后，清朝对都柳江进行了疏浚，榕江到三合（三都）可通木船，向下可抵怀远而下粤东；由都匀府沿清水江而入楚；今贞丰的白层和望谟的者相是红水河及南北盘江重要的水码头。陆路，对古驿站、驿道进行了修改，使陆路交通可抵川、滇、桂，路途平坦,利于人民的商旅。水陆交通的便利，为“场期药市”的繁荣发展提供了有力的保证。

3.酿酒与布依族医药

布依族善饮酒。平坝出土的“中可都酒”表明,早在夜郎时代，布依族的酿酒业就相当普遍。明代文献记载：“婚嫁，则男女聚饮。”到淸初用量更大，“丧……以大翁贮酒，执牛角饮,必须倾淋漓而后快。”酿酒“率蒸高粱、红稗和曲蘗贮坛中；揉灰封其口，不旬日而开坛，插管围绕吸饮。”插管坛屮饮酒,是布依族在喜庆场合唱歌劝酒的传统饮酒方式，直至近代仍如此,如紫云火红一带，把这种饮酒称为“扎马酒”。

山于布依族节日喜庆和迎宾敬友，都喜欢饮酒，酿酒的历史也很悠久，古歌中专有酿酒过程的叙述，到明清时代，饮酒更为普遍。过大年家家酿酒，其中以大米酿的白酒为多，糯米酒则较少。酿酒的原料有大米、包谷、高粱、小米、刺梨、红薯、糯米、糖渣（熬糖时的蔗水泡沫）等。

布依族认为酒有强身健体之功，开脾壮胆之效，能助血气在体内营运，清污浊之气。布依族医师也认为适量饮酒，有助于血气循环，强筋健骨。用酒配伍各种动植物药，治疗风湿、湿痹等，收到良好的效果。布依族医师用爬地香、香猫草、牛瘦柴、酒母草等十多种中草药加工成粉末，再加入香麦面、红稗面、麦麸，放在谷堆里发酵而成一种酒药。

布依族地区盛产酒。花溪布依族擅制刺梨酒,其色赭墨有丝，味极醇美;惠水布依族以特产黑糯米为原料，酿造而成的黑糯米酒酒色赤黑,晶莹透明，酸甜适口，醇香甘美……布依族医药的发展，离不开酒文化，酿酒悠久的历史，也推动了布依族医药的不断发展。