1616年（天命元年，明朝万历四十四年)，建州女真首领努尔哈赤统一了海西女真和野人女真各部，灭亡了元朝，在赫图阿拉城（现辽宁省新宾县)建国，定国号“大金”，史称“后金”。1635年（天聪九年)努尔哈赤的儿子皇太极继位，1636年（崇德元年）改国号“大金”为大清。1644年满族入关定都北京。满族文化与汉文化的融合逐渐加深，大量的汉族和蒙古族医生加入到满族医药队伍中，先进的中医药学逐渐被满族贵族和满族知识分子接受和吸纳，原始萨满教衰退，萨满“跳神”消灾祛病被限禁。早期满族医学开始与萨满教逐渐分离，满族医学发展进入新的历史时期。

自努尔哈赤开始，清代帝王对药性和药理、治病用药都有了一定的认识，能够很深地理解医学和疾病。天命十年（1625），努尔哈赤对诸大臣和国人说：“药之者，虽苦口能祛疾焉。”说明当时的文化阶层已有了一定的医学知识。天聪九年（1635），皇太极分析说：“人身血脉，劳则无滞。”懂得了运动有益于血液流通和健康的道理，表明满族医学摆脱了以萨满巫医为主体的原始神秘阶段。随着专职医生的诞生，满族医学进入了全面发展时期。

清代注重医政药事管理。自清代建立开始，在借鉴金、元、明前朝吏治和医政管理制度的同时，建立了清代宫廷医政药事管理机构，实施医学教育和对医药有功人员奖励政策。清代设立的太医院与金、元、明朝不同，清代太医院，院使正五品，统领医药行政及医疗诸事。全国医官统一由太医院差派、考核、升降。官吏职责更加明确，清代首先将宫廷医学进行分科管理。御医、吏目、医士、医生各专一科。分大方脉、小方脉、伤寒、妇人、疮疡、针灸、眼、口齿、正骨等九科。

清代创建新满文。金时期创建的女真文字经过几个朝代的更替，没有延续而逐渐消失。努尔哈赤重新创建满族文字，为清代满族医药发展提供了条件。顺治、康熙年间，满族吸收汉族医学，整理翻译了大量中医药学历代名著。如：《雷公炮制书》《药性赋》《难经》《王叔和脉诀》《寿世保元》《孙思邈卫生歌》《经穴部位图》《延寿格言》《妇科疗法》，用以丰富满族医学宝库。编辑《医疗通书》《医宗金鉴》作为太医院投方取药的依据。这些措施不仅促进了清代的医药发展，而且对中医药传统医学发展作出了贡献。

清代名医辈出。满族入关尤其是入主中原以后，战乱时期多发的骨伤、外伤疾病和疮疡、眼疾等相对减少，各类富贵病开始发生。宫廷吸纳了大量的汉族医生入宫为官，发展了满族医药学，出现大批的汉族和满族名医和著作。如徐大椿著有《医学源流论》《伤寒论类方》等多部著作，名医陈修园著有《医学三字经》《时方歌括》等多部著作；满族名医边成章（1806~1880）著有《边氏验方》，正骨名医觉罗伊桑阿、满族地方骨伤科名医杜自明，著有《中医正骨经验概述》等。

顺治时期，满族医学全面发展。培养本民族医学通才，在继承本族膳食医药学的基础上，积极吸收汉、蒙、回等各族医学，乃至西方医学，逐渐形成了独具特色的满族医学。